Bidang Karantina Hewan mempunyai tugas dan fungsi melaksanakan pemberian pelayanan operasional karantina hewan, pengawasan keamanan hayati hewani, sarana teknik, serta pengelolaan system informasi dan dokumentasi. Dalam melaksanakan tugas serta fungsinya, Bidang karantina hewan memfasilitasi pelaksanaan tindak karantina hewan dan pengawasan keamanan hayati hewani.

Pelaksanaan kegiatan operasional tersebut di lakukan di tempat-tempat pemasukan dan pengeluaran di Wilayah Kerja BBKP Surabaya sesuai Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesia Nomor 16 Tahun 2022 Tentang Perubahan Kelima Atas Peraturan Menteri Pertanian Nomor 94/Permentan/Ot.140/12/2011 Tentang Tempat Pemasukan dan Pengeluaran Media Pembawa Penyakit Hewan Karantina Dan Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina

Kegiatan tindakan karantina hewan dilaksanakan di hampir semua tempat pemasukan/pengeluaran, kecuali Kantor Pos Kediri dan Pelabuhan Tanjung Tembaga Probolinggo. Sementara itu kegiatan pada Kantor Pos Surabaya pelayanan sertifikasi digabung dengan Bandara Juanda, Kantor Pos malang tergabung dengan Bandara Abdul Rahman Saleh, Pelabuhan Paciran tergabung dengan Pelabuhan Sedayu Lawas, Pelabuhan Jangkar tergabung dengan pelabuhan Kalbut di Situbondo, dan Pelabuhan Tanjung Wangi kegiatannya tergabung dengan pelabuhan Ketapang dengan alasan efisiensi operasional. Kegiatan operasional meliputi impor, ekspor dan antar area (masuk domestik dan keluar domestik), khusus kegiatan impor dan ekspor terdapat pada Pelabuhan Tanjung Perak, Bandara Juanda dan Bandara Abdul Rahman Saleh (melalui kantor pos Malang).

Dalam meningkatkan mutu pelayanan, Bidang Karantina Hewan telah mengimplementasikan manejemen mutu sesuai SNI ISO 9001:2015. Perbaikan kualitas pelayanan publik juga mengacu pada Standar Pelayanan Publik diantaranya: sarana Information and Communications Technology (ICT), kenyamanan ruang pelayanan, katalog pelayanan, berbagai informasi tentang biaya atau pungutan Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP), persyaratan, mekanisme pelayanan, jangka waktu layanan, fasilitas pengaduan, ruang laktasi dan fasilitas bagi lansia. Pelayanan karantina hewan di BBKP Surabaya didukung oleh Laboratorium Karantina Hewan yang telah terakreditasi dan secara konsisten menerapkan sistem manajemen mutu SNI ISO/IEC 17025:2017.

Fasilitas ICT yang tersedia memberikan kemudahan dan kecepatan pelayanan bagi internal Karantina Hewan maupun pengguna jasa. Aplikasi elektronik yang menjadi dasar layanan utama adalah "Inhouse System Indonesian Quarantine Full Automation System" (IQFAST). Aplikasi ini berupa desktop-base application yang memfasilitasi proses data permohonan, input pelaksanaan tindakan karantina hewan secara realtime, penerbitan sertifikat dan kwitansi pembayaran PNBP. Sementara itu untuk efisiensi pengajuan permohonan pemeriksaan karantina telah difasilitasi web-base application "Permohonan Pemeriksaan Karantina Online" (PPK OnLine) bagi pengguna jasa karantina hewan yang dapat dimanfaatkan kapan dan dimana saja menggunakan koneksi internet. Selanjutnya guna mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi maka disediakan web-base application "Dicision Support Tool" (DST) untuk monitoring dan analisis data operasional tindakan karantina hewan bagi intern Karantina Hewan, BBKP Surabaya.