Laboratorium uji karantina tumbuhan, merupakan laboratorium pengujian terakreditasi oleh KAN LP-461-IDN. SNI ISO/IEC 17025:2008, berlokasi di Jl. Letjen Suprapto No.67, Waru - Sidoarjo. Laboratorium ini merupakan salah satu laboratorium teknis Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Surabaya yang melayani pengujian pada lingkup Organisme Pengganggu Tumbuhan/Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina(OPT/OPTK) dan Keamanan Pangan / Pangan Segar Asal Tumbuhan (PSAT).

Laboratorium karantina tumbuhan melakukan aktivitas pengujian komoditi pertanian untuk mendeteksi ada tidaknya OPT/OPTK yang kemungkinan terbawa media pembawa masuk ke wilayah Jawa Timur baik melalui ekspor, impor, maupun domestik. Terdapat 8 (delapan) Jenis OPTK yang harus ditangkal masuk dan keluarnya  dari wilayah Negara  Republik Indonesia, diantaranya:  golongan bakteri, virus, cendawan / fungi , serangga/insect, nematoda, tungau / mites, gulma / weeds dan mollusca. Laboratorium ini melayani pelanggan internal yaitu POPT (Pengendali Organisme Pengganggu Tumbuhan) lingkup BBKP Surabaya.

Ruang lingkup pengujian di laboratorium yang telah terakreditasi oleh KAN meliputi:

1	Deteksi dan identifikasi Alternaria padwickii dan Tilletia barclayana pada benih padi dengan metode Morfometri
2	Deteksi dan identifikasi Drechslera maydis pada benih padidengan metode Morfometri
3	Deteksi dan identifikasi Uromycladium tepperianum pada tanaman sengon dengan metode morfometri
4	Deteksi dan identifikasi Tilletia barclayana pada gandum dengan metode Morfometri
5	Deteksi dan identifikasi Radopholus similis  dengan  metodeMorfometri
6	Deteksi dan identifikasi sista Globodera rostochiensis  dengan metode Morfometri
7	Deteksi Alfalfa Mozaic Virus (Amv) dengan Metode Compound Elisa
8	Deteksi Erwinia carotovora subsp. atroseptica dengan Metode Compound Elisa
9	Deteksi Pantoea stewartii dengan Metode Compound Elisa
10	Barley Stripe Mosaic Virus (Bsmv) dengan Metode DAS Elisa
11	Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm) denganMetode DAS Elisa
12	Identifikasi lalat buah (Bactrocera spp.) menggunakan metodeMorfometri
13	Identifikasi lalat buah (Ceratitis capitata) dengan metode morfometri
14	Identifikasi Araecerus fasciculatus dengan metode morfometri
15	Identifikasi Ahasverus advena  dengan metode morfometri

Aktivitas pengujian :

1. LABORATORIUM OPT/OPTK

-  Lab. Cendawan : Pengujian untuk target pest cendawan dilakukan dengan menggunakan teknik uji: kertas saring (Blotter test), pencucian (washing test),pemeriksaan langsung  (direct inspection), serta agar cawan.

-  Lab. Serologi: uji serologi (ELISA, Enzyme Linked Immunosorbent Assay)dilakukan untuk pengujian target pest: bakteri dan virus. Aktivitas pengujian ELISA diantaranya: Clavibacter michiganensis sub sp michiganensi (CMM),Pseudomonas syringae pv. syringae (PSS), Pseudomonas syringae pv. lacrymans (PSL), Pantoea stewartii, Erwinia chrysanthemi, Erwinia carotovora, Pectobacterium antrosepticum, Burkholderia glumae, Alfalfa Mosaic Virus (AMV), (Barley yellow drawrf virus (BYDV), (Onion Yellow Dwarf Virus (OYDV), Maize Streak Virus (MSV), dll

-  Lab. Biomolekuler: uji biomolekuler (PCR, Polymerase Chain Reaction) untuk target pest bakteri dan virus. Aktivitas pengujian diantaranya:Pseudomonas syringae pv. syringae (PSS), Pantoea stewartii (PS), Erwinia chrysanthemi, Barley yellow drawrf virus (BYDV), Potato Spindle Tuber Viroid(PSTVd,)dll.

-  Lab. Nematoda: Target pest untuk golongan nematoda dilakukan dengan menggunakan teknik flotation, corong baerman, dan sidik pantat (Parenial pattern).

- Lab.Serangga dan Hama: identifikasi serangga dilakukan secara mikroskopis dengan bahan acuan buku referensi dan buku kunci determinasi serangga. Aktivitas lab diantaranya: perbanyakan serangga, identifikasi dan pembuatan koleksi serangga.

-  Lab. Gulma: aktivitas pengujian dengan target pest gulma dilakukan terhadap media pembawa berupa biji. Metode yang dilakukan dengan pemurnian biji yang kemudian diidentifikasi.

-  Lab. Mikrobiologi: golongan bakteri dari beberapa target pest yang diuji dilakukan dengan metode doasnostik agar. Bakteri target dalam pengujian mikrobiologi diantaranya untuk Xanthomonas vasicola pv. holcicola sertaPseudomonas viridiflava.

2. LABORATORIUM KEAMANAN PANGAN / PSAT

Berdasarkan peraturan menteri pertanian nomor 27/Permentan/PP.340/5/2009 Juncto Peraturan Menteri Pertanian No.  38/Permentan/PP.340/8/2009 tentangpengawasan keamanan pangan terhadap pemasukan dan pengeluaran (PSAT), maka Balai Besar Karantina Pertanian Surabaya memiliki komitmen untuk mewujudkannya.  Keamanan PSAT dan PSAH harus terbebas dari cemaran yang dapat mengganggu, merugikan, dan membahayakan kesehatan manusia. Cemaran tersebut terdiri dari residu pestisida, logam berat, dan mikotoksin.

Aktivitas pengujian untuk parameter uji Cypermethrine dalam buah kelengkeng dan kegiatan validasi untuk Cypermethrine dalam kelengkeng, Dithianon dan methidation dalam buah jeruk mandarain. Alat -alat yang digunakan untuk pengujian PSAT dan PSAH, terdiri dari LC-MS/MS Shimadzu Prominence tandem AB Sciex 3200 Q trap, Agilent GC-MS/MS model 700,  AAS Perkin Elmer model AA700.

Tindakan pemeriksaan dan pengujian yang dilakukan di laboratorium merupakan ujung tombak dalam pelaksanaan salah satu tindakan karantina. Hasil akhir pengujian akan menentukan apakah komoditas (media pembawa) yang diujikan tersebut bebas dari OPTK atau mengandung OPTK, sehingga menjadi  acuan atau pedoman dalam melakukan tindakan karantina selanjutnya.