Tugas pokok Bidang Karantina Tumbuhan Balai Besar Karantina Pertanian (BBKP) Surabaya adalah melaksanakan kegiatan operasional karantina tumbuhan dan pengawasan keamanan hayati nabati. Kegiatan operasional tersebut meliputi kegiatan pelayanan sertifikasi kesehatan terhadap media pembawa organisme pengganggu tumbuhan karantina (MPOPTK) diekspor, diimpor dan diantar areakan (Domestik Masuk dan Domestik Keluar), dan pengawasan keamanan pangan segar asal tumbuhan terhadap pangan segar asal tumbuhan yang diimpor dan diekspor melalui pelabuhan laut, bandar udara, kantor pos dan pelabuhan penyeberangan di wilayah layanan BBKP Surabaya.

Pelaksanaan kegiatan operasional tersebut di lakukan di tempat-tempat pemasukan dan pengeluaran di Wilayah Kerja BBKP Surabaya sesuai Peraturan Menteri Pertanian Nomor: 44/Permentan/OT.140/3/2014 tgl. 25 Maret 2014, dengan lokasi yang meliputi :

Dalam melaksanakan tugas pokok tersebut bidang karantina tumbuhan BBKP Surabaya melaksanakan fungsi:

• Pelaksanaan pemeriksaan, pengasingan, pengamatan, perlakuan, penahana, penolakan, pemusnahan dan pembebasan MPOPTK
• Pelaksanaan pemantauan daerah sebar OPTK
• Pelaksanaan pembuatan koleksi OPTK
• Pelaksanaan pengawasan keamanan hayati nabati
• Pengelolaan sistem informasi, dokumentasi dan sarana teknik karantina tumbuhan, pelaksanaan pengawasan dan penindakan pelanggaran peraturan perundang-undangan dibidang karantina tumbuhan dan keamanan hayati nabati

Dasar pelaksanaan tindakan karantina tumbuhan adalah Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2019 tentang Karantina Hewan, Ikan dan Tumbuhan dan Peraturan Pemerintah Nomor 14 Tahun 2002 tentang karantina tumbuhan. Sedangkan beberapa Peraturan Menteri Pertanian yang harus diimplementasikan dan menjadi dasar pelaksanaan adalah:

• Peraturan Menteri Pertanian Nomor 04/Permentan/PP.340/2/2015 tentang Pengawasan Keamanan Pangan Terhadap Pemasukan dan Pengeluaran Pangan Segar Asal Tumbuhan
• Peraturan Menteri Pertanian Nomor 12/Permentan/OT.140/3/2015 tentang Tindakan Karantina Hewan dan Tumbuhan Terhadap Pemasukan Media Pembawa Hama dan Penyakit Hewan Karantina dan Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina di Tempat Pemeriksaan Karantina
• Permentan Nomor 57/Permentan/PK.110/11/2015 tentang Pemasukan dan Pengeluaran Bahan Pakan Asal Tumbuhan ke dan dari Wilayah Republik Indonesia
• Peraturan Menteri Pertanian Nomor 93/Permentan/OT.140/12/2011 tentang Jenis OPTK sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 51/Permentan/KR.010/9/2015 tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Pertanian Nomor 93/Permentan/OT.140/12/2011 tentang Jenis OPTK
• Peraturan Menteri Pertanian Nomor 09/Permentan/OT.140/2/ 2009 tentang Persyaratan dan Tatacara Tindakan Karantina Tumbuhan Terhadap Pemasukan Media Pembawa OPTK Ke Dalam Wilayah Negara Republik Indonesia
• Peraturan Menteri Pertanian Nomor 42/Permentan/OT.140/6/ 2012 tentang Tindakan Karantina Tumbuhan Untuk Pemasukan Buah Segar dan Sayuran Buah Segar Ke Dalam Wilayah Negara Republik Indonesia
• Peraturan Menteri Pertanian Nomor 43/Permentan/OT.140/6/ 2012 tentang Tindakan Karantina Tumbuhan Untuk Pemasukan Sayuran Umbi Lapis Segar Ke Dalam Wilayah Negara Republik Indonesia; Keputusan Kepala Badan Karantina dan peraturan internasional yang terkait dengan Sanitary dan Phytosanitary

Dalam meningkatkan mutu pelayanan, Bidang Karantina Tumbuhan telah mengimplementasikan manejemen mutu dan telah mendapatkan sertifikat SNI ISO 9001:2008 sejak tahun 2009 dan masih berlaku sampai dengan saat ini. Berbagai sarana untuk perbaikan kualitas pelayanan, meliputi sarana Information and communications technology (ICT), kenyamanan ruang pelayanan, berbagai informasi tentang biaya atau pungutan Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP), persyaratan, mekanisme pelayanan, jangka waktu layanan, fasilitas pengaduan, ruang laktasi dan fasilitas bagi lansia.

Fasilitas ICT yang tersedia guna memudahkan pengguna jasa dan fasilitasi proses internal pelayanan berupa aplikasi pelayanan "Eplaq" (Electronic System for Plant Quarantine) untuk memproses data permohonan sampai dengan penerbitan sertifikat dan kwitansi. Untuk memudahkan dan efisiensi pengajuan permohonan pemeriksaan karantina (PPK) telah difasilitasi aplikasi "Permohonan Pemeriksaan Online" yang berbasis website yang dapat dimanfaatkan kapan dan dimana saja asal tersedia jaringan internet. Bagi pengguna jasa yang rutin mengajukan PPK sangat bermanfaat menggunakan PPK online karena tidak perlu mengetik ulang, cukup mengkopy permohonan yang pernah diajukan dan mengedit seperlunya sesuai data yang diajukan. Alamat wesite untuk PPK online dapat diakses di Website BBKP Surabaya dengan alamat https://surabaya.karantina.pertanian.go.id atau Website Badan Karantina Pertanian dengan alamat https://karantina.pertanian.go.id. Aplikasi lainnya dalam menunjang pelayanan karantina tumbuhan adalah aplikasi "system antrian", aplikasi "TPK online" untuk fasilitasi proses pemeriksaan fisik khususnya untuk komoditas impor, Aplikasi untuk proses data ke portal INSW ( indonesia National Single Window) dan Aplikasi "Simpony" untuk transparasi sistem pembayaran jasa PNBP.

Pelayanan karantina tumbuhan BBKP Surabaya dilengkapi oleh laboratorium karantina tumbuhan yang telah terakreditasi dan secara konsisten menerapkan sistem manajemen mutu SNI ISO/IEC 17025:2008 dengan kompetensi pengujian terhadap OPTK, yaitu pengujian cendawan, nematoda, serangga, mealybug, mite, bakteri, virus dan gulma dengan metode pengujian yang meliputi antara lain direct inspection, blotter test, diagnostic agar, serologi dan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Untuk itu Laboratorium KT dilengkapi laboratorium laboratorium cendawan, laboratorium serangga, laboratorium nematoda, laboratorium gulma dan laboratorium biomolekuler.

Untuk pengujian kesehatan pangan segar asal tumbuhan, laboratorium KT BBKP Surabaya telah memiliki laboratorium Pangan Segar Asal Tumbuhan (PSAT). Laboratorium PSAT telah mampu melakukan pengujian terhadap residu pestisida dan logam berat pada pangan segar asal tumbuhan yang diimpor melalui BBKP Surabaya, dengan didukung peralatan-peralatan dalam rangka pengujian keamanan pangan yaitu: LCMS/MS (Liquid Chromatography-tandem Mass Spectrometry), AAS (Atomic absorption spectroscopy ) dan GC-MS ( Gas Chromatography - Mass Spectrometry).

Dalam mendukung kelancaran kegiatan pelayanan operasional karantina tumbuhan pihak ketiga dapat melaksanakan tindakan karantina tumbuhan tertentu. Tindakan karantina tumbuhan tertentu yang dilaksanakan oleh pihak ketiga di BBKP Surabaya meliputi tindakan karantina tumbuhan untuk melakukan pemeriksaan fisik dan perlakuan. Tidakan karantina tumbuhan berupa pemeriksaan fisik/kesehatan yang telah dilaksanakan oleh pihak ketiga yaitu: PT. Bisi International Tbk dan PT. Mitra Tani Dua Tujuh, sedangkan tindakan karantina tumbuhan perlakuan dilaksanakan oleh Perusahaan Fumigasi yang telah diregistrasi ID-MB sebanyak 13 perusahaan, dan ID-PH3 sebanyak 13 perusahaan, serta 9 Provider ISPM # 15. Disamping itu telah ditetapkan tempat pihak ketiga sebagai Instalasi Karantina Tumbuhan untuk pelaksanaan pemeriksaan fisik dan perlakuan media pembawa.